BioVector® BW25113 Delta dpaA 大肠杆菌缺失菌株 / BioVector® BW25113 Delta dpaA E. coli Deletion Strain

通用定义 / General Definition:BioVector® BW25113 Delta dpaA 是基于大肠杆菌 Keio Collection 标准背景构建的基因敲除菌株。BW25113 是 $K-12$ 衍生的常用实验室底盘，而 $dpaA$（又名 yccX）编码一种D-氨基酸肽酶（D-aminoacyl-peptide hydrolase）。该酶在细菌细胞壁肽聚糖代谢、D-型氨基酸的回收利用以及细胞应激反应中发挥作用。敲除该基因后，菌株表现出对特定 D-型肽段降解能力的缺失，是研究细菌细胞壁合成、D-氨基酸生物学功能以及开发新型抗菌靶点的理想模型。

BioVector® BW25113 $\Delta dpaA$ is a gene-knockout strain constructed on the standardized Keio Collection background. While BW25113 is a widely used $K-12$ derived laboratory chassis,$dpaA$ (also known as yccX) encodes a D-aminoacyl-peptide hydrolase. This enzyme plays a role in peptidoglycan metabolism, the recycling of D-amino acids, and cellular stress responses. The deletion of this gene results in a loss of the ability to degrade specific D-amino acid-containing peptides, making this strain an ideal model for studying cell wall synthesis, D-amino acid biology, and identifying novel antibacterial targets.

BioVector® BW25113 Delta dpaA技术说明书 (Technical Datasheet)

中文版说明书 (Chinese Datasheet)

1. 产品基本信息

• 产品名称： BioVector® BW25113 $\Delta dpaA$ 缺失菌株

• 亲本背景：E. coli K-12 BW25113

• 基因型：$\Delta dpaA::kan$（通常携带卡那霉素抗性基因用于筛选）。

• 代谢特征： D-氨基酸肽酶活性缺失；在某些特定应激条件下可能表现出细胞壁完整性改变。

2. 培养条件

• 培养基： BioVector® LB 培养基。

• 筛选抗生素： 卡那霉素 (Kanamycin, 50 $\mu$g/mL)。

• 培养温度： 37 摄氏度。

• 培养环境： 好氧培养，摇床转速 200-220 rpm。

• 保存： 20% 甘油菌液，-80 摄氏度长期保存。

3. 菌株应用

• 肽聚糖代谢研究： 探索 DpaA 在细胞壁重塑及周质空间蛋白质周转中的具体作用。

• D-氨基酸功能分析： 研究细菌如何利用非标准氨基酸（NSAAs）调节生物膜形成或进入休眠状态。

• 抗生素增效筛选： 评估 $dpaA$ 缺失是否会增强菌株对内酰胺类或其他作用于细胞壁抗生素的敏感性。

4. 注意事项

• 抗性基因移除： 若需在同一菌株内进行多基因敲除，可利用 pCP20 质粒（含 Flp 重组酶）移除卡那霉素抗性标志（FRT 序列）。

• 表型验证： 建议使用 PCR 引物（针对 $dpaA$ 内部序列及侧翼序列）验证基因敲除的准确性。

English Datasheet

1. General Product Information

• Product Name: BioVector® BW25113 $\Delta dpaA$ Deletion Strain

• Parental Background:E. coli K-12 BW25113

• Genotype:$\Delta dpaA::kan$ (Typically carries a Kanamycin resistance cassette at the $dpaA$ locus).

• Metabolic Hallmark: Deficiency in D-aminoacyl-peptide hydrolase activity; potential alterations in cell wall stability under specific environmental stressors.

2. Culture Conditions

• Basal Media: BioVector® LB (Luria-Bertani) Broth/Agar.

• Selection Antibiotic: Kanamycin (50 $\mu$g/mL).

• Incubation Temperature: 37°C.

• Environment: Aerobic; shaking at 200-220 rpm for liquid cultures.

• Storage: 20% Glycerol stocks at -80°C.

3. Applications

• Peptidoglycan Metabolism: Investigating the role of DpaA in cell wall remodeling and the turnover of periplasmic proteins.

• D-Amino Acid Signaling: Exploring how bacteria utilize D-amino acids to regulate biofilm formation, cell shape, or stationary phase entry.

• Antibiotic Potentiation: Evaluating whether the loss of $dpaA$ sensitizes E. coli to $\beta$-lactams or other cell-wall-targeting antimicrobials.

4. Key Usage Notes

• Marker Removal: The Kanamycin cassette is flanked by FRT sites. If multiple deletions are required, the marker can be excised using a Flp recombinase-expressing plasmid (e.g., pCP20).

• Genotypic Confirmation: BioVector® recommends verifying the deletion via colony PCR using primers flanking the $dpaA$ locus to ensure the integrity of the genomic modification.

注意 / Note: BW25113 $\Delta dpaA$ 菌株在常规 LB 培养基中生长良好。由于该基因涉及 D-氨基酸代谢，在进行涉及极低浓度 D-型氨基酸的营养缺陷实验时，建议使用 M9 最小培养基进行精确控制。

The BW25113 $\Delta dpaA$ strain exhibits robust growth in standard LB media. Since this gene is involved in D-amino acid metabolism, BioVector® suggests using M9 Minimal Media for experiments requiring precise control over the concentration of non-standard amino acids.

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